Comme c'est une question qui revient assez souvent sur les forums mugen, je me propose de transposer ici la réponse que j'ai faite à un des membres de Shenron Forum !

Alors tout d'abord, ce qu'il faut savoir, c'est que si vous voulez que votre fond soit transparent, il faut qu'il soit à l'index 0 de vôtre palette. L'index de vôtre palette allant de 0 à 255, soit 256 index, comme vôtre nombre de couleur.
Si ce n'est pas le cas, et c'est souvent comme ça, il faut que vous interchangiez deux index.
Mais pour cela il faut que vous ayez un logiciel qui vous le permette !

Personnellement je vous recommande Paint Shop Pro 8 si vous pouvez vous l'acheter.
Je vais donc vous expliquez comment faire avec ce logiciel même si il est possible de le faire avec d'autres (ce seras à vous de vous adapter alors) !

Ouvrez donc vôtre image sous PSP8.
La première chose que vous remarquerez c'est la présence de la palette de vôtre sprite à droite qui ressemble étrangement à ce que vous avez quand vous ouvrez un gif, ceci dit au passage.

Faites -> Image -> Palette -> Editer la palette
Vous aurez une fenêtre avec vôtre palette et chaque index clickable (un moyen rapide de faire des palettes supplémentaires pour des persos ceci dit).

Dans mon exemple, mon fond rose est en index 152. Mon sprite n'aura donc jamais un fond transparent. Pour cela il faut qu'il soit à l'index 0.
Seul problème c'est que mon index 0 est déjà occupé !
Pas grave on va ruser.
Déjà on sélectionne nôtre index 0 actuel et on relève la couleur sur un morceau de papier.
Ici mon index 0 correspond à 0 en Rouge, 0 en Vert et 0 en Bleu (du noir quoi).
On sélectionne un index libre, par exemple le 200 et on modifie la couleur pour faire une copie de mon noir en index 0.
Ainsi ma couleur en index 0 est préservée.
Maintenant on re-sélectionne l'index 0 et on la change par une couleur super voyante et qui ne sera pas utilisée dans vôtre sprite, un vert fluo par exemple.
Forcément, vous verrez sur vôtre sprite une partie devenir verte.

Aucun soucis ! Faites "OK" sur la petite fenêtre auxilliaire.
Maintenant sur vôtre palette complètement à droite de l'écran sélectionnez la copie de sauvegarde de vôtre ancien index 0 et repeignez les zones devenue vertes avec cette couleur.
Une fois cela fait, sélectionnez cette fois vôtre vert et usez du sceau pour repeindre le fond avec ce vert.
N'oubliez aucune zone, enregistrez et le tour est joué. Vous avez un sprite au fond transparent !